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ニキビは、毛穴(毛包)がホルモンと細菌と皮脂の相互作用によって炎症を起こすことでできる。従って、皮脂が多く分泌される部位にできやすい。ニキビは、皮脂を分泌する毛穴が詰まるところから始まる。詰まった毛穴の中に乾いた皮脂や角質(死んだ細胞)がたまり、この状態が黒ニキビ(毛穴が開いて中身が見えている状態)または白ニキビ(毛穴が閉じている状態)と呼ばれるものである。黒ニキビ、白ニキビの状態から赤いニキビを作り出すのは、ブドウ球菌と同様に皮膚に非常に多く存在する皮膚常在菌のアクネ桿菌(プロピオニイバクテリウム・アクネス、 P.acnes)である。アクネ桿菌は、嫌気性の細菌のため酸素のない脂腺の奥に生息する。また、皮脂を好むため、詰まった毛穴の中で皮脂を栄養として過剰に増殖し、脂肪分解酵素のリパーゼを分泌し、皮脂を遊離脂肪酸にしてコメドとなる。このように皮脂が遊離脂肪酸へ変化し酸化され過酸化脂質へと酸化された結果、炎症が起きて赤くなったり、膿がたまって黄色い部分ができるという症状が出る。また、さらに進行すると、毛穴が破れて中身が流れ出し炎症が広がることもある。その場合は皮膚の深い部分を傷つけてしまうため、炎症が治っても痕(瘢痕・あばた)が残る場合が多い。なお、ニキビのできるメカニズムは完全には解明されていない。また粉瘤腫というほぼ同じ外見の腫れが身体のいずれかの場所にできる場合もるが、治療方法がニキビとは異なる。

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